在下一步医改的方向上，医改专家之间还存在着根本分歧，即主张“行政化”或“社会化”。前者主张医疗卫生领域由政府主导，公立医院重新回归政府统收统支、高度行政管控的体制，以实现医疗卫生的公益性。后者认为打破医疗资源行政化垄断，实现医疗资源的社会化，才是解决现存严重问题的根本途径。两种主张的重大分歧，将可能导致我国医改走向两种截然不同的前途。
行政化主张：
政府投入的重点不是促发展而是买机制
行政化主张认为，公立医院运行机制的主要弊端就是靠创收来维持自身的运行和发展，它把医院推到了群众利益的对立面，是造成医患利益冲突和医患关系紧张最重要的原因。维护公立医院的公益性质就必须改变医院的创收机制，建立政府投入、部门监督、预算管理、绩效考核的新机制，使医务人员摆脱创收的利益束缚，将注意力转移到钻研医术、增强能力、提高质量、改善服务上。
因此，行政化主张认为，改革公立医院的创收机制是维护公益性的核心。要将公立医院的收入和支出全部纳入预算管理，实现核定收支，超收上缴、差额补助的管理体制，通过财政保障和监督管理，将医院和医务人员的积极性，从关注创收转到提高服务质量上来。将来政府加大对医院的经费投入，重点不是促发展而是买机制。特别要投入在医院的基本支出方面，并对医院的收入和支出实行严格的监管，控制盲目创收、随意支出，扭转医院靠创收维持运行的不合理局面。
与公立医院统收统支、高度行政管控的体制相适应，行政化主张提出，应由政府主导建立科学的医务人员收入分配机制。公立医院人员的工资水平由政府按照资质、能力来核定，实行岗位工资与绩效工资相结合的办法，并以绩效工资为主。建立以服务数量、服务质量和群众满意度为主要内容的绩效考核制度，对高素质医疗人才，无论是在大医院还是在基层医疗机构，都应给予同样优厚的工资待遇，以调动优质人员向基层流动的积极性。
社会化主张：
打破行政垄断在于医疗资源社会化
与行政化主张截然相反，社会化主张认为，目前医疗卫生领域一系列严重问题的根源就是医疗资源的四个重要组成部分，即医生、医院、药品和检查（仪器），这四方面都遭遇高度的行政化垄断，是阻碍医改进一步深化的瓶颈。
因此，持社会化主张的人认为，打破医疗资源行政化垄断，出路在于医疗资源的社会化，核心有二：第一，社会化的非营利性医院成为医院的主体；第二，自由执业的医生成为医生的主体（医生自由执业是医疗资源社会化的核心）。实现医疗资源社会化的途径，则是打破行政化垄断手段，即准入、规划、科研、定价、医保，完全取消编制和评级。
实际上，社会化主张驳斥了通过加大财政投入、统收统支和行政高度管控，实现公立医院公益性的观点，主张让大多数公立医院转化为社会化的非营利医院，成为医院的主体。
首先，我国财政无力承担统收统支的庞大公立医院体系。如果回归行政化体制，光是医疗卫生机构的人员经费和基本建设投资两项，就足以让政府财政难堪重负。目前政府预算卫生事业费只占卫生机构人员经费支出的1/3，而我国卫生基本建设总投资中，只有大约1/4经费来自政府预算。以2004年为例，如果政府全包，则仅仅这两项预算就需从实际的600亿元增加到2600亿元，然而该年政府预算卫生支出总数也只有1300亿元，只能满足其中这两项支出的一半。
其次，政府行政部门没有能力来管理如此数量庞大的公立医院。行政部门目前仍然保留了许多对公立医院进行行政干预的手段，但从这些手段的实行效果看，不仅未能促进公立医院的运行效率和满足病人的需求，反而造成了一系列扭曲和不良结果。例如，政府对医院编制的控制与大量医学院毕业生无法进入医疗服务行业有着重要的联系，同时我国护士的极度缺乏，也与编制密切相关。
再次，政府将主要精力放在控制公立医院上，无法承担对医疗行业的公平和有效的监管。政府在医疗行业的主要职能应当提供公共产品，主要是医疗服务质量和费用等信息，同时监管全行业。由于目前行政部门的主要精力用于直接控制公立医院，影响其提供必要的公共产品和执行行业监管的功能。同时，由于行政部门直接开办如此大量的公立医院，无法对所有医疗机构一视同仁，执行好监管功能。英国公立医院发生大量病人无辜死亡的恐怖事件，在很大程度上与英国政府行政部门的监管失效有关。前车之鉴，值得深刻吸取教训。
最后，将目前的公立医院转化为社会化非营利医院难度不大。真正的公立医院应主要依靠政府经费，对病人实行免费或低价服务，而我国公立医院90%的收入靠病人和医保，只有10%的收入来自政府经费，这种收入结构与国外的非营利性民营医院并无区别。政府只要放弃上述行政垄断手段，特别在医院的人事管理上放手，就可以将目前的公立医院转化为名副其实的社会非营利医院。这些医院将成为社会化的资源，而不是某个政府部门支配和垄断。而在绝大多数公立医院转化为社会化非营利医院的同时，还应当依靠政府资金支持，将社会和市场无法经营的医院办成真正的公立医院。
此外，在让自由执业医生而非医院的雇员成为医生的主体方面，持社会化主张的专家认为，医生的执业途径打开，有利于解决大量医学院毕业生转行不去行医的问题，有助于改变我国医生质量低、特别是基层医生质量低的问题。随着基层医生素质提高，将有效改变大量病人拥挤在大医院的现状，从而解决“看病难”。
总而言之，行政化与社会化的争论，关系到新医改和医疗卫生事业的根本方向，是一个重大而紧迫的问题，应高度重视，认真考虑。只有总结吸收我国各领域30多年改革开放的经验教训，借鉴别国医疗卫生管理体制的做法，充分认识尊重医疗卫生领域的特殊规律性，才能使新医改少走弯路，尤其避免根本方向性的重大失误，进而理顺医疗卫生管理体制机制，解决“看病难、看病贵”问题，增加人民群众的福祉。